Die betroffenen Behörden können einer Sicherstellung außerdem widersprechen, wenn vertrauliche Daten betroffen sind, die von ausländischen Behörden oder internationalen Organisationen übermittelt wurden. Widerspruch ist außerdem möglich, wenn eine gesetzliche Verschwiegenheitspflicht gegenüber der Justiz besteht oder wenn der Weitergabe „überwiegende öffentliche Interessen“ entgegenstehen.

In den Erläuterungen wird betont, dass Durchsuchung und Sicherstellung bei Behörden nur zulässig sein sollen, wenn sich die Ermittlungen gegen jenen „Organwalter“ richten, der die Amtshilfe leisten müsste.