Zudem soll das Kommando verantwortlich für die operative Führung nationaler Kräfte im Rahmen des Heimatschutzes sein. Dazu gehört etwa die Amts- und Katastrophenhilfe und die zivil-militärischen Zusammenarbeit. Außerdem soll das Kommando wesentliche Aufgaben bei der Führung der Streitkräfte in Deutschland übernehmen, während das Einsatzführungskommando in Schwielowsee bei Potsdam die Auslandseinsätze führen soll. Die Bundeswehr soll damit zwei Führungskommandos für unterschiedliche Aufgaben haben.