Mindestens ebenso viel Aufsehen in seiner kurzen Amtszeit erregte Kickl mit der sogenannten BVT-Affäre, die in einer später rechtlich für illegal erklärten Hausdurchsuchung im Bundesamt für Verfassungsschutz und Terrorismusbekämpfung gipfelte. Versuche, Behördenchef Peter Gridling aus dem Amt zu bekommen, scheiterten.