Zwei paramilitärische Gruppen, die ab Mitte der Neunziger Terror unter Kleinbauerngemeinden und Oppositionellen verbreiteten, gingen direkt aus den Pepes-Todesschwadronen hervor: Die Selbstverteidigungsgruppe von Córdoba und Urabá (ACCU) und das paramilitärische Bündnis Selbstverteidigungsgruppen Kolumbiens (Autodefensas Unidas de Colombia, AUC).