Die Grundlage für die Anklage wegen Völkermordes bildeten die Militärpläne seiner Regierungszeit. Der Plan Victoria wendete die Strategie der „verbrannten Erde“ an. Plan Sofía deklarierte die Bevölkerung des Ixil-Gebietes zum „internen Feind, da alle Bewohner des Gebietes von den Subversiven unterwandert sind“. Montt wurde 2013 wegen Verbrechen gegen die Menschheit zu 80 Jahren Gefängnis verurteilt. Sein damaliger Geheimdienstchef José Mauricio Rodríguez Sánchez wurde freigesprochen. Nach zehn Tagen hob das Verfassungsgericht das Urteil auf.