Auch die Hauptdomain des Unternehmens, www.flixbus.de, hatte zwischenzeitlich ein Problem. Denn dort wurde ein Zertifikat von Startcom verwendet, das jedoch mittlerweile in gängigen Browsern nicht mehr akzeptiert wird. Nach Meldung des Problems durch Licina im September verwendet Flixbus zwar ein neues Zertifikat von Let‘s Encrypt, das Startcom-Zertifikat wurde jedoch erst am 27. November 2017 zurückgezogen.