Thaçi ist bereits im Jahr 2005 vom BND als „eine der drei Schlüsselfiguren“ eingestuft worden, die im Kosovo die Verbindungen der Organisierten Kriminalität in die Politik herstellten; demnach habe er „direkte Kontakte zur organisierten Kriminalität in Tschechien und Albanien“ gehalten und sei persönlich „in umfangreiche Drogen- und Waffengeschäfte“ verwickelt gewesen.[6] Im Jahr 2010 ist ein Sonderermittler des Europarats, der Schweizer Liberale Dick Marty, nach zweijährigen aufwendigen Ermittlungen zu dem Ergebnis gekommen, Thaçi und weitere einstige UÇK-Anführer seien in Organhandel und diverse Kriegsverbrechen verwickelt gewesen