SmartFTP erlaubt es, neben den gewöhnlichen Client-Server-Verbindungen auch Server-zu-Server-Transfers über das File Exchange Protocol (FXP) durchzuführen. Dabei können über das Programm-Interface mehrere FTP- und FXP-Verbindungen gleichzeitig verwaltet werden. Um Verbindungen vor unerwünschten Zugriffen zu schützen, macht es SmartFTP außerdem möglich, die Datenübertragung per SSL- und TLS-Protokoll zu verschlüsseln.