Scharfe Kritik kam von Umweltverbänden. „Wir möchten hiermit aufs Schärfste dagegen protestieren und Sie nachdrücklich darum bitten, beim ursprünglich vereinbarten Zeitplan zu bleiben“, schrieben die Kommissionsmitglieder Martin Kaiser (Greenpeace), Kai Niebert (Deutscher Naturschutzring) und Hubert Weiger (BUND) an die Vorsitzenden. Der Eindruck, dass Bundes- und Landespolitiker versuchten, „nach Belieben die Arbeit einer zivilgesellschaftlichen Kommission und deren Empfehlungen zu beeinflussen“, sei „völlig unbegreiflich“.