Seit der frühen Neuzeit wird „Ketzerei“, „ketzerisch“ in übertragener Bedeutung dann auch für jede Art von intellektueller Dissidenz oder Opposition gegen eine herrschende Lehre oder Konvention ohne besonderen Bezug zur kirchlichen und religiösen Sphäre gebraucht, ebenso „verketzern“ in der Bedeutung „zum Ketzer erklären“, „für Ketzerei erklären“.

Wegen der abwertenden Bedeutung von „Ketzer“, „Ketzerei“ im kirchlichen Sprachgebrauch wird das Wort heute in wissenschaftlicher Fachsprache zugunsten der neutraler wirkenden Fremdwörter „Häretiker“, „Häresie“ vermieden,