Erst nach jahrelangen Ermittlungen wurde bekannt, dass das Flugzeug aufgrund eines Treffers durch eine militärische Luft/Luft-Rakete abgestürzt war. Ebenso stellte sich erst Jahre später heraus, dass in der Nähe des Absturzes gleichzeitig ein Luftkampf zwischen einer größeren Zahl bis heute nicht identifizierter Kampfflugzeuge der NATO und zwei libyschen MiG-23 stattgefunden hatte. Ob die Itavia-Maschine irrtümlich dort hineingeriet oder durch eine Verwechslung abgeschossen wurde, ist ungeklärt und Gegenstand zahlreicher Spekulationen. Durch die sich seit nunmehr drei Jahrzehnten hinziehenden Ermittlungen und deren jahrelange massive Behinderung durch italienische Militärs und Geheimdienste ist Ustica bis heute ein sehr präsentes und emotionales Thema in Italien.