Im Unterschied zu anderen Gerichtsformen (vergleiche Römisches Recht), wie z. B. dem bis zur Etablierung des Inquisitionsverfahrens vorherrschenden Akkusationsverfahren, in dem Streitigkeiten zweier privater Kläger verhandelt wurden, erhob in einem Inquisitionsprozess nicht eine Konfliktpartei, sondern ein obrigkeitlicher Ankläger Klage von Amts wegen („ex officio“) und im öffentlichen Interesse (Offizialprinzip). Ankläger und Richter fielen somit in Personalunion zusammen. Aktiv konnte ein Inquisitor bereits dann werden, wenn der schlechte Leumund („mala fama“) einer Person ruchbar wurde. Im Gegensatz zum Akkusationsverfahren waren im Inquisitionsverfahren auch Verwandte, Minderjährige oder schlecht Beleumundete zeugnisfähig.

Alle Ermittlungen, die nach anderem Rechtsverständnis für eine Verdachtsbegründung, eine Anklage sowie die Eröffnung eines Prozesses nötig wären, wurden, bis auf die Beweis- und Anklagssuche, im Prozess selbst erledigt. In einem Inquisitionsverfahren stand die Ermittlung der möglichst durch Geständnis zu offenbarenden Wahrheit im Vordergrund, und nicht die Anklage. Vor dem Inquisitionsgericht hatten Sachbeweise keine Gültigkeit. Das heißt, zum Beweis von Schuld oder Unschuld gab es nur die Möglichkeit der Aussage von Zeugen, die häufig durch weitere Zeugenaussagen gestützt wurden, wobei gegenüber dem Angeklagten die Namen der gegen ihn aussagenden Zeugen geheim gehalten wurden. Durch diese Verfahrensweise dauerten die Inquisitionsprozesse oft sehr lange. Als oberstes Beweismittel wurde ein Geständnis angestrebt. Sowohl in kirchlichen als auch in weltlichen Inquisitionsverfahren wurde seit dem 13. Jh. die Folter als Mittel zur Erlangung eines Geständnisses zugelassen.