Mit Steinmeiers Tätigkeit untrennbar verbunden war bereits der Krieg gegen Jugoslawien im März 1999, der die deutsche Vorherrschaft über Südosteuropa zu zementieren half. Unter seiner Aufsicht unterstützte der Bundesnachrichtendienst (BND) damals die Terror-Truppe UÇK, die beim NATO-Überfall faktisch als Bodentruppe des westlichen Kriegsbündnisses im Kosovo operierte. Steinmeier unternahm zudem nichts gegen die Kriegspropaganda der Bundesregierung – entgegen vorhandenen Geheimdienst-Informationen: Über die damaligen BND-Lageberichte aus dem Kosovo schrieb ein Insider, „viele der Geschichten über angebliche Massengräber und Greueltaten der Serben“ würden „von Pullach als nachrichtendienstliche Desinformation bewertet“, mit denen lediglich „Politik gemacht“ werde.[2] In seinem Amt als Kanzleramts-Beauftragter gerade auch für den BND muss Steinmeier darüber in Kenntnis gewesen sein. Während seiner Zeit als Kanzleramtschef kam es im Kosovo zu weiteren Geheimdienst-Skandalen; so gehörte ein BND-Informant zu den Organisatoren von Unruhen im Jahr 2004.[3] All dies ist bis heute nicht annähernd aufgeklärt.