Das Paket „Intelligente Grenzen“ wird ebenfalls von eu-LISA verwaltet. Aus dem nun veröffentlichten deutschen Brief geht hervor, dass das vorgeschlagene „Kernsystem“ mit biometrischen Daten im Rahmen von „Intelligente Grenzen“ errichtet werden soll. Die übrigen Datenbanken (etwa VIS und EU-PNR) würden als „Module“ angebunden, die weitere Einzelinformationen enthalten können. Auf diese Weise will de Maizière „vorhandene Erkenntnisse systematisch zusammenführen“.