Indes hat Roger Rodríguez Santander, Generaldirektor für Menschenrechte des Ministeriums für Justiz und Menschenrechte, aus Protest gegen die Entscheidung sein Amt niedergelegt. Er bezeichnete seinen Rücktritt als „moralischen Imperativ“ und erklärte, dass Fujimori die Kriterien für eine humanitäre Begnadigung nicht erfülle. Als früheres Mitglied der Begnadigungskommission sei er selbst Zeuge davon geworden, wie Fujimori versucht habe, diese zu manipulieren. Rodríguez Santander verwies weiter auf die schweren Menschenrechtsverletzungen, wegen derer Fujimori verurteilt worden war, und bezeichnete die Begnadigung als „verwerflich“.