Insgesamt elf Jahre war sie Abgeordnete im Deutschen Bundestag; 2002 bildete sie mit Reinhard Bütikofer die Doppelspitze der Partei. Im selben Jahr war Beer nicht mehr für den Bundestag nominiert worden. Der linke Flügel hatte ihr das Misstrauen ausgesprochen – die Rechnung für die 180-Grad-Wendung der einstigen Friedensaktivistin. Denn 1999 hatte das Ex-Mitglied des Kommunistischen Bundes auf dem Sonderparteitag in Bielefeld eine glühende Rede für das Ja zum Luftkrieg gegen Jugoslawien gehalten und ihrem Parteikollegen und damaligen Außenminister Joseph Fischer die grüne Mehrheit beschafft für die erste deutsche Beteiligung an einem Angriffskrieg seit 1945.