Im Abwehrzentrum kooperieren unter anderem das BSI, das Bundeskriminalamt, der Bundesnachrichtendienst (BND), das Bundesamt für Verfassungsschutz (BfV), das Bundesamt für Bevölkerungsschutz und Katastrophenhilfe (BBK) sowie die Bundespolizei, die Bundeswehr und das Zollkriminalamt. Die „Kernbehörden“ (BSI, Bundesamt für Verfassungsschutz und BBK) sind ständig im Cyber-Abwehrzentrum vertreten mit insgesamt zehn Mitarbeitern (davon BSI: 6 MA, BfV: 2 MA, BBK: 2 MA). Die „assoziierten Behörden“ (Bundeskriminalamt, Bundespolizei, Zollkriminalamt, Bundesnachrichtendienst, Bundeswehr) werden über Verbindungsbeamte regelmäßig und anlassbezogen eingebunden. (..)

Das Cyber-Abwehrzentrum ist laut Bundesregierung keine eigenständige Behörde, weswegen ein Errichtungsgesetz als gesetzliche Grundlage entbehrlich sei.