Seit 1986 ist Hanning in die Sicherheits- und Geheimdienstwelt involviert. Damals war er bis 1990 Geheimschutzbeauftragter in der Ständigen Vertretung der BRD in Ost-Berlin. Danach arbeitete er im Bundeskanzleramt mit Geheimdienstkoordinator Bernd Schmidbauer zusammen und wurde 1996 zum Abteilungsleiter ernannt.

1998 wurde er nach Hansjörg Geiger Präsident des BND. Er prägte während seiner Amtszeit das Selbstverständnis des BNDs als Dienstleister der Bundesregierung und trug zur Entscheidung bei, die BND-Zentrale von Pullach nach Berlin umzuziehen. Nach seiner Zeit als BND-Präsident war er 2005 bis zu seinem Ruhestand 2009 zum Staatssekretär im Bundesinnenministerium, unter anderem zuständig für die Innere Sicherheit.