Nachdem er bereits seit 1991 die Funktion des Europasprechers der Grünen innehatte, war Voggenhuber von 1. Jänner 1995 bis 14. Juli 2009 Abgeordneter der Grünen im Europäischen Parlament. Zudem war er von 2003 bis 2003 Mitglied des Verfassungskonvent über eine Europäische Verfassung und ein Verteidiger dessen Entwurfes.

Am 30. Jänner 2009 wurde auf einer Sitzung des erweiterten Bundesvorstandes der Grünen beschlossen, dass Johannes Voggenhuber nicht auf der Liste der Grünen für die Europawahl 2009 geführt wird, was zu heftigen Kontroversen führte.[2]

Als Autor veröffentlichte er verschiedene Publikationen zur europäischen Integration, Urbanistik und Demokratie und 1988 das Buch Berichte an den Souverän. Der Bürger und seine Stadt.

Im Herbst 2010 erschien im Salzburger Residenz-Verlag eine Sammlung ausgewählter Reden und Artikel Voggenhubers unter dem Titel Res publica. Reden gegen die Schwerkraft.