Witthaut äußerte im ZDF auch Kritik. Er hätte sich gewünscht, dass im gemeinsamen Abwehrzentrum gegen Rechtsextremismus in Zusammenhang mit der neuen Datei eine Struktur wie beim Terrorabwehrzentrum aufgebaut worden wäre. „Denn dort sitzen alle Behörden an einem gemeinsamen Tisch“, und könnten dann „sehr schnell Zusammenhänge erkennen“.