Bergoglio wurde verschiedentlich eine zu große Nähe zur argentinischen Militärdiktatur der Jahre 1976 bis 1983 vorgeworfen, die einen selbsterklärten „schmutzigen Krieg“ gegen Oppositionelle führte. Die Diktatoren ließen bis zu 30.000 als „subversiv“ eingestufte echte oder vermeintliche Regimegegner heimlich entführen, foltern und ermorden, die als Desaparecidos (spanisch ‚Die Verschwundenen‘) bekannt geworden sind.