Menschenrechtsorganisationen kritisierten seit Bekanntwerden des Falls, dass sich die Anklagepunkte der Staatsanwaltschaft lediglich auf andere Vorwürfe beziehen und die Angeklagten nicht wegen gewaltsamen Verschwindenlassens, Folter und schwerer Menschenrechtsverletzungen zur Verantwortung gezogen wurden. Sie kritisieren weiter, dass von den über 100 Informationsersuchen, welche die unabhängige Expertenkommission GIEI der Menschenrechtsorganisation CIDH gestellt hatte, 47 Prozent nicht und 24 Prozent nur teilweise beantwortet wurden. Eines der nichtbeantworteten Ersuche fordert Zugang zu Akten des Militärs, um untersuchen zu können, inwieweit das Militär in das Verschleppen der Studenten involviert war.