Während der Besatzung Griechenlands durch die deutschen, italienischen und bulgarischen Truppen von 1941 bis 1944, schloß sich der junge Mikis dem Widerstand an. Mit 18 Jahren wurde er erstmals gefoltert. Zu diesem Zeitpunkt kam er auch in Kontakt mit Marxisten und Kommunisten, die sein Weltbild entscheidend prägten.

Daß er sich nach dem Rückzug der Besatzungssoldaten gegen die Neubesetzung seines Landes durch die Engländer wehrte und sich den Linken während des Bürgerkrieges anschloß, war nur selbstverständlich. Mehrfach verhaftet, auf die Greuelinseln Ikaria und Makronissos verbannt, wurde Theodorakis grauenhaft gefoltert und war mehrmals dem Tode nahe. Sein Vater Yorgos Theodorakis verkaufte seinen Besitz auf Kreta, um seinem Sohn zu Hilfe zu kommen. Auf Kreta erfolgte für Theodorakis eine langsame Genesung. Später konnte er in Athen unter Philoktitis Economidis und in Paris unter Eugène Bigot und Olivier Messiaen sein Musikstudium weiterführen und mit Auszeichnung abschließen.
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Am 21. April 1967 kam es zum Putsch der Obristen. Vier Monate kämpfte Theodorakis als Gründer der Patriotischen Front im Untergrund gegen die Junta. Im August wurde er verhaftet, gefoltert, ins Bergdorf Zatouna verbannt, später ins Konzentrationslager Oropos überführt, wo die Tuberkulose ihn an den Rand des Todes brachte. Eine internationale Solidaritätsbewegung, geleitet von so bedeutenden Künstlern wie Dmitri Schostakovitsch, Leonard Bernstein, Arthur Miller und Harry Belafonte setzte sich für seine Freilassung ein.