Der Dienst soll die Bundeswehr vor Extremisten und Spionage schützen. Neonazis, Islamisten, Spione – sie alle sollen von der deutschen Armee ferngehalten werden. Dazu überprüft der MAD sowohl Bundeswehr-Rekruten als auch dienende Soldaten, insbesondere Geheimnisträger werden regelmäßig einer Sicherheitsüberprüfung (SÜ) unterzogen. Der MAD führt zudem eigene Informanten und geht Hinweisen aus der Truppe nach. Außerdem sorgt der Geheimdienst im Ausland für den Schutz von Bundeswehreinrichtungen.