(6. Juli 2009) Nach Angaben ihrer Familie verschwand sie im März 2003 bei einem Ausflug mit ihren inzwischen drei Kindern. Im April desselben Jahres meldete die Times of India die Festnahme Siddiquis durch die pakistanische Polizei und ihre Übergabe an die amerikanischen Behörden. Danach galt sie bei Freunden und in der Familie als wie vom Erdboden verschwunden.

Es wurde spekuliert, daß Siddiqui jene geheimnisvolle Insassin von Bagram sei, die die dort inhaftierten Männer niemals zu sehen bekamen, deren herzzereißendes Weinen und Schreien aber ihnen häufig des Nachts den Schlaf raubte.