Das U-Boot navigierte 40 Seemeilen außerhalb der argentinischen 200-Meilen-Zone in internationalen Gewässern und damit knapp an der Grenze zur maritimen Sperrzone rund um die 595,3 Seemeilen vom Festland entfernten und von Großbritannien militärisch schwer bewachten Malwinen-Falkland-Inseln, um deren Besitz es 1982 zu einem verheerenden Krieg zwischen Argentinien und dem NATO-Land gekommen war.

Jedoch wenige Stunden nach Fernández´ letztem Lebenszeichen registrierten Sonargeräte ein „explosionsartiges Ereignis“ auf dem vorgegebenen Unterwasser-Kurs des U-Bootes, das die argentinische Marine bestätigte.

Als zweiter Regelverstoß paarte sich zum unverständlichen Kurs von ARA San Juan die Meldung, anstatt der maximal zulässigen 37 befänden sich 44 Besatzungsmitglieder an Bord. Als 7 irreguläre Mitfahrer seien 6 Kampftaucher und ein Geheimdienst-Agent der Marine zugestiegen, erzählte der Bruder eines der 37 Besatzungsmitglieder (Submarino argentino llevaba más tripulantes de lo permitido – Telesur, 26.11.2017).