Die Bundeswehr begann kurz darauf unter strengster Geheimhaltung mit der Verlegung von Transportflugzeugen vom Lufttransportgeschwader 62 sowie Soldaten des Fallschirmjägerbataillons 373 aus Seedorf (Niedersachsen) und des Feldjägerbataillons 252 aus Hilden auf die Insel Kreta.[4] Des Weiteren kreuzte ein Einsatzverband der Marine bestehend aus den Fregatten Brandenburg und Rheinland-Pfalz sowie dem Einsatzgruppenversorger Berlin zur Unterstützung in der Großen Syrte. Unter Leitung von Generalinspekteur der Bundeswehr General Volker Wieker wurden in Kooperation mit den britischen Streitkräften Operationspläne für Evakuierungen aus Libyen ausgearbeitet. Verteidigungsminister zu Guttenberg informierte anschließend die wichtigsten Regierungsmitglieder von den Plänen und erhielt grünes Licht zur Durchführung des Unternehmens.[6] Da es sich um einen Auslandseinsatz handelte, wurden auch die Fraktionsvorsitzenden des Bundestages informiert, aber – wie auch die Presse – gebeten, über die Operation bis zu ihrem Abschluss aus Sicherheitsgründen nicht zu berichten.

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Hintergrund ist der verfassungsrechtliche und im Parlamentsbeteiligungsgesetz im Einzelnen geregelte Grundsatz, dass jeder Einsatz bewaffneter Streitkräfte der Zustimmung des Deutschen Bundestages bedarf. Abgeordnete der Oppositionsparteien im Deutschen Bundestag werfen der Bundesregierung vor, das Parlament bei der Aktion unzulässig umgangen zu haben. Bei Gefahr im Verzug (GiV) bedarf es nach § 5 des Gesetzes über die parlamentarische Beteiligung bei der Entscheidung über den Einsatz bewaffneter Streitkräfte im Ausland einer nachträglichen Zustimmung, diese müsse aber unverzüglich nachgeholt werden. Die Grünen bereiten wegen der fehlenden Beteiligung des Bundestages eine Organklage gegen die Bundesregierung vor.[12]

Das Auswärtige Amt sieht die Operation Pegasus hingegen im Nachhinein nicht als bewaffneten Einsatz, sondern als „gesicherten Evakuierungseinsatz mit humanitärer Zielsetzung“, für die eine nachträgliche Zustimmung nicht notwendig sei