Die Rolle der US-Regierung und der US-Geheimdienste bei der Operation Condor ist bis heute nicht vollständig aufgeklärt. In den Jahren 2000 und 2001 veröffentlichte US-Geheimdienstdokumente[11] legen den Schluss nahe, dass das FBI und der amerikanische Geheimdienst CIA von den Aktivitäten Kenntnis hatten, sie duldeten und logistisch und technisch unterstützten. Den Dokumenten zufolge lieferten sie technische Hilfsmittel und gaben Ausbildungskurse für die Agenten. Eine wichtige Rolle spielte dabei das militärische Ausbildungszentrum School of the Americas in der Kanalzone Panamas.

Französische Veteranen aus dem Algerienkrieg schulten Offiziere der Militärregime in der so genannten Französischen Doktrin, die ein umfassendes Instrumentarium zur Unterdrückung von Oppositionellen darstellt und unter anderem die systematische Folter und Ermordung von Verdächtigen umfasst.[12]

Laut eines internen CIA-Untersuchungsberichts hielt die Behörde von 1974 bis 1977 enge Kontakte zum Leiter der Operation Condor, Manuel Contreras.[13] Die CIA bestätigte auch, zu mindestens einem Zeitpunkt Zahlungen an Contreras geleistet zu haben, die Summe wurde nicht veröffentlicht. Als Contreras 1976 wegen des Mordes an Orlando Letelier in Washington von einem US-Bundesschöffengericht (federal grand jury) angeklagt wurde, hatte die CIA diese Information zurückgehalten, sie kam erst im Jahr 2000 an die Öffentlichkeit.