Die ägyptische Regierung hat bis jetzt eine Verwicklung ihrer Sicherheitsdienste in den Fall vehement abgestritten. Entsprechende Ermittlungen gegen die Dienste sind bisher nicht bekannt. Offizielle Verlautbarungen von ägyptischer Seite waren schleppend, lückenhaft und widersprüchlich. Nach einer ersten offiziellen Stellungnahme wurde er von Drogendealern umgebracht, nach einer zweiten Version wurden die Mörder im Umkreis der ägyptischen Gewerkschaften identifiziert. Nach der letzten Version wurde er von einer kriminellen Bande entführt, ausgeraubt und umgebracht. Die ägyptische Polizei habe in einer Polizeiaktion alle Mitglieder der Bande getötet. Auch diese Version wurde nach kurzer Zeit dementiert.

Regeni wurde in Ägypten obduziert, sein Tod sei als Folge eines Schlags auf den Hinterkopf mit einem scharfen Gegenstand eingetreten. In Italien wurde er ein zweites Mal obduziert. Dokumentiert wurden bei der zweiten Obduktion Merkmale einer mehrtägigen Folter: Brandwunden durch Zigaretten, Verbrennungen durch Elektroden, herausgerissene Finger- und Fußnägel, gebrochene Beine, Rippen und Schultern.