Hanning wurde von Abgeordneten dafür kritisiert, dass das Innenministerium 2006 beim Bundesamt für Verfassungsschutz die Abteilungen für Rechts- und Linksterrorismus fusionieren ließ. Dies habe zu einer „Vernachlässigung des Rechtsextremismus“ geführt, sagte die SPD-Politikerin Eva Högl. Hanning verteidigte die Fusion mit dem Hinweis, dass es damals einen Spardruck gegeben habe.