Die Behörde bezeichnete sich selbst “Schlüsselpartner” des US-Militärgeheimdienstes National Security Agency (NSA).

Unbestritten ging das BSI aus der “Zentralstelle für das Chiffrierwesen” hervor, die beim Bundesnachrichtendienst angesiedelt war. Im “Nationalen Cyber-Abwehrzentrum” (NCAZ) arbeitet die Behörde mit allen Polizeien und Geheimdiensten des Bundes zusammen, darunter auch dem Militärischen Abschirmdienst.